บริษัท ธนากรผลิตภัณฑ์น้ำมันพืช จำกัด มีเป้าหมายการจัดการน้ำ โดยการตั้งเป้าหมายสูงสุดในการพัฒนาโรงงานเป็นระบบ Zero Effluent  ภายในปี 2562  นั้นคือ ไม่มีน้ำเสียที่เกิดจากกระบวนการผลิต ซึ่งส่งผลให้ บริษัทฯ ยกเลิกระบบบำบัดน้ำเสีย

บริษัท ธนากรผลิตภัณฑ์น้ำมันพืช จำกัด ได้ดำเนินการปรับปรุงกระบวนการผลิตอย่างต่อเนื่องตั้งแต่  ปี 2546 จนถึงปี 2553 โดยการติดตั้งเครื่องจักรใหม่ ควบคู่ไปกับ การนำระบบ Zero Effluent มาใช้ในกระบวนการผลิต ส่งผลให้ ณ ปัจจุบัน ปริมาณน้ำเสียโดยรวมของบริษัทลดลงจากวันละ 350 ลบม./วัน เหลือวันละ 120 ลบม./วัน  อีกทั้ง ทางบริษัทฯ ได้ตระหนักถึงปัญหาการขาดแคลนทรัพยากรน้ำ จึงดำเนินการนำน้ำเสียที่ผ่านการบำบัดแล้วกลับมาใช้ใหม่ ได้แก่ การนำน้ำกลับมาใช้ที่ระบบ Wet Scrubber  ของ Steam Boiler และนำไปใช้เป็นน้ำสำรองสำหรับใช้ดับเพลิง

บริษัทฯ มีระบบการบำบัดน้ำเสียภายในโรงงาน โดยใช้ระบบ Activated Sludge (ระบบเติมอากาศ)โดยผลการตรวจสอบคุณภาพน้ำเสียที่ผ่านการบำบัดอยู่ในเกณฑ์ควบคุมทุกรายการ อีกทั้งยังมีระบบการจัดการสลัดจ์ส่วนเกินที่ได้จากระบบบำบัดน้ำเสียตามหลักวิชาการ นอกจากนี้ทางบริษัทฯ  ได้ดำเนินการส่งรายงานการตรวจสอบคุณภาพน้ำเสียที่ผ่านการบำบัดให้หน่วยงานราชการรับทราบตามกฎหมายตามระยะเวลาที่กำหนดอย่างต่อเนื่อง ได้แก่

1. รายงานน้ำเสียต่อกรมโรงงานอุตสาหกรรม

2. รายงานน้ำเสียต่อเทศบาลพระสมุทรเจดีย์

3. รายงานน้ำเสียต่อกรมการขนส่งทางน้ำและพาณิชนาวี